Η εκκλησία κτίστηκε στα τέλη του 19ου με αρχές του 20ου αιώνα, σε αντικατάσταση ενός παλαιότερου ναού του 18ου αιώνα. Η εκκλησία είναι αφιερωμένη στην Παναγία και σύμφωνα με την παράδοση πήρε το όνομά της από μια εικόνα της Παναγίας που βρέθηκε σε μια κοιλάδα (Νάπα στα λατινικά σημαίνει δάσος).
Σύμφωνα με μια άλλη εκδοχή, η εκκλησία πήρε το όνομά της από ένα ναό που κτίστηκε κατά τη περίοδο της Φραγκοκρατίας και ο οποίος ήταν αφιερωμένος στο Άγιο Μανδήλιο της Αγ. Βερονίκης που ήταν γνωστό ως Saint Nape.
Αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα κτίρια του 19ου αιώνα στην πόλη μας. Θεωρείται από αρχιτεκτονική άποψη και διακόσμησης ως ο καλύτερος ναός της Κύπρου. Φημίζεται για τις εξαίρετες αγιογραφίες του και για την μεγάλη αρχαιολογική αξία των εικόνων του.
Οι εργασίες ανέγερσης του ξεκίνησαν στα 1893 με σχέδια του Ελλαδίτη αρχιτέκτονα Γ. Παπαδάκη. Είναι σταυροειδής ναός με τρούλλο και η αγιογράφιση του έγινε από τους ζωγράφους Μ. Κουφό και Ο. Γιαβόπουλλο.
